洁净室内的气流是左右洁净室性能的重要因素，一般洁净室的气流速度是选0.25~0.5m/s之间，此气流速度属微风区域，易受人、机器等的动作而干扰趋于混乱、虽提高风速可抑制此一扰乱之影响而保持洁净度、但因风速的提高，将影响运转成本的增加，所以应在满足要求的洁净度水准之时，能以最适当的风速供应，以达到适当的风速供应以达到经济性效果。另一方面欲达到洁净室洁净度之稳定效果，均一气流之保持亦为一重要因素，均一气流若无法保持，表示风速有异，特别是在壁面，气流会延着壁面发生涡流作用，此时要实现高洁净度事实上很困难。

垂直层流式方向要保持均一气流必须：吹出面的风速不可有速度上的差异；地板回风板吸入面之风速不可有速度上的差异。速度过低或过高（0.2m/s，0.7m/s）均有涡流之现象发生，0.5m/s之速度，气流则较均一，一般洁净室，其风速均取在0.25~0.5m/s之间。拆卸式壁板设计，便于在内部对粉尘颗粒过滤器进行维护；循环气流或单向气流模式，当加工操作过程中使用有机溶剂或产生有害烟雾时，需要采用单向气流模式（电子原器件需要额外的防爆检测并提供证明）再循环气流系统产生的热量可以通过加装的冷却盘管消除；HEPA/ULPA胶封型下沉气流过滤器可在洁净工作室内进行更换，过滤器胶封技术相比较传统的密封垫方法在实际使用中更为可靠。