首先，两者的空气循环模式不同。从“棚”和“房”的叫法，就可以大致分辨出，洁净棚要更为简陋一点。洁净棚和模块化无尘室两者顶部都是用FFU净化模块，但是洁净棚在底部留有缝隙，垂帘也是透气的，顶部吹出的洁净空气，可以从这些缝隙排出。因为洁净棚面积较小，所以这种设计也是可以达到百级的洁净等级的。而模块化无尘室根据不同的面积、场地环境，可以选择使用回风夹道、回风柱，或者是直接排出室外。洁净等级从1级、十级、百级到千级、万级、十万级等，均可以达到。洁净棚多是全新风，而模块化无尘室可循环风+部分新风。

其次，两者适用的面积和环境不同。洁净棚的面积较小，一般在100㎡以下，为保证洁净等级，有时需要结合大的无尘室使用。一般只是单独使用，也可以多个洁净棚连接组成洁净区。

而模块化无尘室可单独使用，面积300㎡以下都可以满足需求，近年来面积有越来越大的趋势，500㎡、600㎡也有客户要求使用模块化设计。它可以根据人、物料的运动路线、工艺流程，划分为不同等级的洁净区、辅助洁净区。

第三，两者使用的材料不同。洁净棚整体用料要差一些，框架有烤漆方通，或者不锈钢方通、工业铝型材，四周围护使用防静电垂帘或者网格帘、亚克力板。门口一般就是帘子。根据需要可选配风淋室、传递窗、智能控制系统等，也可不配。

而模块化无尘室框架一般是铝型材框架、铁方通静电喷涂、SUS304不锈钢框架，四周围护有不锈钢板、烤漆钢板，加上大幅双层中空玻璃视窗，此外还要配备专门设计的净化门。颜值更高，能满足额外的参观、展览需求。风淋室、传递窗、智能控制系统则是标配。面积大的话还需要配置逃生门。