洁净室的设计应考虑人员和物料的移动。这意味着诸如药品生产之类的关键过程应与布局中的主要途径隔离开。这些过程必须防止交叉污染。

洁净室内的空气洁净度很重要，它将决定洁净室的整体设计和要求。您需要的洁净度等级越高，洁净室清洁度所要求的标准就越严格。级别范围从1到100,000，数字越小表示清除颗粒的标准越高。

空间供应气流的数量取决于洁净室的洁净度等级以及通过洁净室进入的流量和颗粒物的数量。

正压可用于将空气推出房间并防止污染。还需要考虑房间之间的压差，因为一定的压差不仅会影响交叉污染，还会影响维持压力所需的能量以及开门和关门的难度。

当不同压力差的房间之间的门打开时，空间的渗出流量与空气从一个房间到另一个房间的流动有关。空气向哪个方向移动？它应该向哪个方向移动？良好的洁净室设计应仔细控制气流。

空间的空气平衡与房间之间的整体空气流动有关，要考虑到当前的空气，空气的流出和进入房间的空气。这个变量在洁净室的设计方式中也起着重要作用。

专属系统可用于管理温度和湿度。除非洁净室过程要求较高的温度，否则应计划较低的室温以考虑到现有的工作人员及其温暖的衣服（全套工作服，头罩，护目镜，口罩和手套）。另一方面，湿度应保持在一定程度，以防止由于较高的静电放电而使颗粒不粘附在表面上，但湿度不能过高，以使微生物/细菌繁殖。具有层流气流的HEPA过滤器也可以处理颗粒。

机械系统布局是洁净室设计的依据。这方面可能会受到诸如空间可用性，可用资金，项目要求，分类级别，能源，建筑规范和当地气候等变量的影响。

洁净室的供暖和制冷计算应考虑以下因素：所需的气候，空气流动，加湿器歧管热量，过程负荷和再循环风扇热量。

最后，用于保持洁净室清洁的机械系统需要多少空间？将会建立什么样的洁净室分类，并且必须洁净多少？该设计可能需要根据需要为机械腾出空间：过滤器，加热/冷却盘管，风扇，消音器，回风风扇，排气室等。